您好，关于您提出的“开电瓶车与电瓶车相撞后主责住院可以报农保吗”这一问题，我需要给您详细解释一下。
首先，我们需要明确的是，农保（通常指的是农村合作医疗保险或类似的医疗保险）的报销政策，在涉及交通事故时，是有一定特殊规定的。一般来说，如果交通事故中存在明确的第三方责任人，并且该责任人已经进行了赔付，那么医保（包括农保）通常是不会再受理报销申请的。这是因为，按照法律规定，医保基金并不承担本应由第三方支付的医疗费用。
然而，在您描述的这种情况下，虽然您是主责方，但如果存在以下特殊情况，您仍然有可能尝试申请农保报销部分费用：
事故责任模糊不清：如果事故责任无法明确划分，或者双方对责任认定存在争议，那么在这种情况下，您可以尝试向农保部门提出报销申请。但需要注意的是，这并不意味着您一定能够获得报销，因为农保部门会根据具体情况进行审核。
第三方逃离现场未能寻获：如果事故发生后，另一方电瓶车驾驶者逃离了现场，且无法找到其进行赔付，那么在这种情况下，您也可以考虑向农保部门提出报销申请。但同样需要满足农保部门的报销规定和权限。
个人先期垫付了医疗费用：如果您在事故发生后，先期垫付了医疗费用，并且这些费用符合农保的报销目录和规定，那么您也可以尝试向农保部门提出报销申请。
但需要特别强调的是，农保报销有严格的目录及规定，涵盖药物、疗法、设施等范畴。因此，即使您符合上述特殊情况之一，也并不意味着您一定能够获得报销。农保部门会根据您的具体情况、医疗费用明细以及农保政策进行审核，最终决定是否给予报销以及报销的金额。
综上所述，对于您提出的问题，我无法直接给出“可以”或“不可以”的明确答案。因为这取决于您的具体情况、医疗费用明细以及农保政策的具体规定。我建议您在出院后，尽快整理好相关的医疗费用明细和证明材料，然后向当地的农保部门进行咨询和申请。他们会根据您的具体情况给出最准确的答复。