入室盗窃赔偿1000元以下，案子到了检察院后又起诉到法院，说明案件已经进入刑事审判程序，将依据相关法律规定进行审理和判决。针对此情况，具体分析如下：

一. 入室盗窃的法律性质

• 入室盗窃属于《中华人民共和国刑法》第二百六十四条规定的盗窃公私财物，且属于“入户盗窃”的情形，无论盗窃数额大小，都构成盗窃罪。

二. 赔偿与刑事责任的关系

• 赔偿1000元以下可能是犯罪嫌疑人与被害人之间达成的某种民事赔偿协议，但这并不影响刑事责任的追究。
• 刑事责任的承担与民事赔偿是独立的两个法律程序，互不影响。即使已经进行了民事赔偿，也不能免除刑事责任。

三. 案件进入法院后的处理流程

1. 法院受理：案件由检察院起诉到法院后，法院将依法受理，并通知被告人相关诉讼权利。
2. 庭前准备：法院将进行庭前准备，包括阅卷、通知证人出庭等。
3. 开庭审理：法院将组成合议庭，公开开庭审理此案。在庭审中，控辩双方将围绕犯罪事实、证据、适用法律等问题进行辩论。
4. 判决：根据审理情况，法院将依法作出判决。如果被告人被认定构成盗窃罪，将依据《中华人民共和国刑法》的相关规定判处相应的刑罚。

四. 可能的量刑情况

• 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，入户盗窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。具体量刑将根据犯罪情节、被告人的认罪态度、赔偿情况等因素综合考虑。

我建议：被告人应积极配合法院的审理工作，如实陈述犯罪事实，争取从宽处理。同时，如果有可能，应继续与被害人协商赔偿事宜，以减轻犯罪后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。