关于新监察法实施条例对于自首的认定，特别是特殊自首的认定，以下是我的详细解答：

1. 特殊自首的认定依据：

   • 根据监察法实施条例第二百一十五条，该条例对监察法第三十一条第(二)项的规定进行了细化，为认定被调查人“积极配合调查工作，如实供述监察机关还未掌握的违法犯罪行为的”提供了规范依据。
   • 特殊自首是指在不具备“自动投案”这一法定要件情况下，基于法律或司法解释的规定仍“以自首论”的特殊情形。其认定条件相较一般自首更加严格。

2. 特殊自首与坦白的区分：

   • 从条文结构上看，监察法实施条例第二百一十五条第一款规定的四种情形呈现出按照被调查人悔罪态度和对查清案件事实的“贡献”程度递减排序的逻辑层次。其中，该款第(一)(二)项规定的情形属于特殊自首，而第(三)(四)项则属于坦白。
   • 对于实践中争议较大的“被调查人交代了监察机关未掌握的大部分同种犯罪事实”以及“被调查人供述对定案证据的收集有重要作用”这两种情形，监察机关可以依据相关司法解释的规定，按坦白处理。

3. 如何判断罪行是否已被监察机关掌握：

   • 实践中，监察机关可参照司法机关“已掌握罪行”的判断标准，如是否在通缉令发布范围内、是否已录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库、监察机关是否已实际掌握该罪行等。
   • 关键在于判断监察机关是否已实际掌握该罪行。如果被调查人交代的罪行与监察机关掌握的线索所指向的问题一致，就属于监察机关已掌握的罪行。

4. 如何判断“法律、事实上密切关联”：

   • “法律上密切关联”是指不同犯罪的构成要件有交叉、相近关系或者不同犯罪之间存在对合(对向)关系、因果关系、目的关系、条件关系等牵连关系。
   • “事实上密切关联”是指不同犯罪基于叙事要素框架在时间、地点、动机、行为、对象、结果等客观事实方面有密切联系。
   • 判断“法律、事实上密切关联”时，需要借助犯罪构成要件理论和经验法则与情理逻辑进行研判。

5. 实践中需要注意的其他问题：

   • 认罪认罚作为独立的量刑情节，与坦白、自首、立功等量刑情节不作重复评价。
   • 重视坦白的量刑意义，特别是在职务犯罪尤其是贪腐类犯罪中，坦白所起的作用不一定小于自首等法定量刑情节。
   • 对于不符合特殊自首条件的，监察人员要及时向被调查人进行解释说明，做好释法说理工作。

综上所述，新监察法实施条例对于自首的认定，特别是特殊自首的认定，有着明确的规定和标准。在处理相关案件时，需要准确把握立法目的和法条内在逻辑，确保自首认定的准确性和公正性。如果您有任何关于自首认定或其他刑事案件的法律问题，欢迎直接向我咨询。