针对公司已注销后股东认为注销程序不合法的情况，以下是我的分析和建议：

1. 确认注销程序是否合法：

   • 股东首先应查询公司注销的相关档案，包括注销申请书、清算报告、股东会决议等文件，以确认注销程序是否遵循了相关法律法规和公司章程的规定。
   • 如果发现注销程序存在违法违规情形，如未依法成立清算组、未通知债权人申报债权、提交虚假材料等，股东可以初步判断注销程序不合法。

2. 向市场监督管理部门反映情况：

   • 股东在确认注销程序不合法后，可以向市场监督管理部门反映情况，申请撤销公司注销登记。
   • 市场监督管理部门在收到股东的反映后，会进行调查核实。如果调查属实，市场监督管理部门会依法处理，可能包括撤销注销登记、对相关责任人进行处罚等。

3. 收集证据并提起诉讼：

   • 如果因公司违法注销导致股东利益受损，股东可以收集相关证据，如公司注销档案、股东会决议、财务报表等，以证明注销程序的不合法性和股东利益的受损情况。
   • 股东可以向法院提起诉讼，要求相关责任人（如清算义务人、公司实际控制人等）承担赔偿责任。在诉讼过程中，股东需要充分举证，以证明自己的主张。

4. 注意诉讼时效：

   • 股东在提起诉讼时，需要注意诉讼时效的问题。根据相关法律规定，股东应在知道或应当知道权利被侵害之日起一定期限内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。

5. 后续行动建议：

   • 在处理此类问题时，股东应保持冷静和理性，避免采取过激行为。
   • 股东可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。律师可以提供法律咨询、起草法律文书、参与诉讼等全方位的法律服务。

6. 法律后果：

   • 如果注销程序确实不合法，且因违法注销导致股东利益受损，相关责任人可能需要承担民事赔偿责任、行政处罚甚至刑事责任。
   • 对于公司而言，如果注销程序不合法，可能会面临被撤销注销登记、重新进行清算等法律后果。

综上所述，股东在认为公司注销程序不合法时，应首先确认注销程序是否合法，然后向市场监督管理部门反映情况，收集证据并提起诉讼，同时注意诉讼时效的问题。在处理此类问题时，股东可以寻求专业律师的帮助以更好地维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。