建设工程有限公司的安全生产许可证的主要负责人与公司法人可以是不同的人。但为了确保企业运营的合法性和规范性，安全生产许可证上的主要负责人应当与公司法人保持一致。以下是对此问题的详细分析：

一. 安全生产许可证与法人的关系

• 根据《中华人民共和国安全生产法》及安全生产相关法规，安全生产许可证的主要负责人必须是法人代表。这是因为法人代表在法律上对公司负有最终责任，包括安全生产的责任。

二. 安全生产许可证与法人不一致可能产生的影响

1. 法律责任问题：如果安全生产许可证的主要负责人与公司法人不一致，可能会在出现安全事故时导致法律责任不明确，增加法律风险。
2. 监管处罚风险：安全生产监督管理部门在检查中可能因为安全生产许可证与法人不一致而对公司进行处罚，这会影响公司的正常运营和声誉。
3. 经营合规问题：不一致可能导致公司在其他经营活动中面临合规性问题，如申请政府补贴、参与招投标等。

三. 如何解决不一致问题

• 如果发现安全生产许可证与法人不一致，公司应及时办理变更手续，确保两者的一致性。变更流程通常包括提交变更申请、提供相关证明材料和等待审批等步骤。

四. 法人变更后的处理

• 如果企业法人发生变更，根据法律规定，企业应自变更决议或者决定作出之日起30日内申请变更登记，并向公司登记机关提交规定文件。同时，企业也应及时到原安全生产许可证颁发管理机关办理安全生产许可证的变更手续。

五. 我的观点

• 从法律合规和降低风险的角度考虑，我建议建设工程有限公司确保安全生产许可证的主要负责人与公司法人保持一致。这不仅有助于明确安全生产的责任主体，还能避免因不一致可能带来的各种法律和经营风险。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。