关于进项税被转出是否可以起诉对方公司的问题，需要分情况讨论：

1. 进项税转出的原因与责任归属：

   • 进项税被转出，通常是因为税务机关认为该进项税额不符合抵扣条件，如用于非应税项目、免税项目、集体福利或个人消费等，或者是因为取得的发票不符合规定（如虚假发票、过期发票等）。
   • 如果进项税被转出是因为对方公司提供的发票不符合规定（如虚假发票），那么责任可能在于对方公司。但在此情况下，起诉对方公司之前，需要确认税务机关的认定是否正确，以及是否有足够的证据证明对方公司存在过错。

2. 起诉的法律依据与可行性：

   • 起诉对方公司需要基于明确的法律依据。在进项税被转出的情况下，如果是因为对方公司提供的发票问题导致，且该问题给己方公司造成了经济损失，那么可以考虑依据《中华人民共和国发票管理办法》、《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，以及《中华人民共和国民法典》中关于合同违约或侵权责任的规定，来探讨起诉的可行性。
   • 然而，起诉并非易事，需要充分的证据支持己方的主张，包括但不限于与对方公司的交易合同、发票、税务机关的认定文件等。同时，还需要考虑诉讼成本、时间成本以及胜诉的可能性。

3. 建议与后续行动：

   • 在决定是否起诉之前，建议先与对方公司进行沟通协商，看是否能够达成和解或赔偿协议。
   • 如果沟通协商无果，且认为有足够的证据和法律依据支持起诉，那么可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据支持己方的主张。
   • 此外，为了避免类似情况再次发生，建议加强与供应商的合作管理，确保取得的发票符合规定，并定期对进项税额进行自查和清理。

综上所述，进项税被转出是否可以起诉对方公司，需要根据具体情况进行判断。如果是因为对方公司提供的发票问题导致，且该问题给己方公司造成了经济损失，那么可以考虑起诉。但在起诉之前，需要充分评估诉讼的可行性和风险，并积极与对方公司进行沟通协商。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。