关于合同约定五方验收但未进行而最终结算工程款的问题，结论如下：

1. 一般情况下，可以按结算处理：

   • 在建设工程合同中，虽然约定了需要通过五方验收作为工程款支付的条件之一，但双方在实际操作中已经进行了最终结算，并支付了工程款。这种行为可以视为双方对合同约定的验收条件进行了变更，或者是对验收条件的一种豁免。因为结算行为本身就意味着双方对工程的质量、数量、价款等核心内容已经达成了共识，并进行了最终的确认。
   • 从法律角度来看，如果双方已经通过结算行为对工程款进行了确认，并且没有提出异议，那么在没有其他违法或违规行为的情况下，可以认为这种结算行为是有效的，双方应当按照结算结果履行各自的义务。

2. 但需注意潜在风险：

   • 尽管双方已经进行了结算，但如果工程在后续使用过程中出现了质量问题，且该质量问题与未进行五方验收有关，那么发包方可能会以此为由向承包方主张权利，要求承包方承担相应的责任。
   • 此外，如果结算行为本身存在瑕疵，如结算金额不准确、结算程序不合法等，那么这种结算行为也可能被认定为无效或可撤销，从而引发新的纠纷。

3. 法律建议：

   • 对于承包方而言，在未进行五方验收的情况下进行结算，应当确保结算行为的合法性和有效性，避免后续出现纠纷。同时，承包方也应当保留好相关的结算资料，以备不时之需。
   • 对于发包方而言，如果同意在未进行五方验收的情况下进行结算，应当明确知晓这种行为可能带来的潜在风险，并在结算协议中作出相应的约定和安排，以降低风险。
   • 如果双方对结算行为或工程款支付存在争议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决纠纷，避免争议扩大化。

综上所述，虽然合同约定了需要通过五方验收作为工程款支付的条件之一，但双方在实际操作中已经进行了最终结算并支付了工程款，这种情况下一般可以按结算处理。但双方也应当注意潜在的风险，并采取相应的措施进行防范和应对。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。