被执行人已经按双方约定履行生效的判决书后，原告仍申请执行，被执行人可以向法院提出异议，请求法院终结执行程序。以下是对此情况的具体分析：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条：当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。当事人、利害关系人提出书面异议的，人民法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或者改正；理由不成立的，裁定驳回。当事人、利害关系人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。

二. 分析说明

1. 履行情况：被执行人已经按照双方约定履行了生效的判决书，这意味着被执行人已经完成了判决书所确定的义务。
2. 原告申请执行：尽管被执行人已经履行了义务，但原告仍然申请执行，这可能是因为原告认为被执行人没有完全履行，或者双方对履行情况存在争议。
3. 提出异议：在这种情况下，被执行人可以向法院提出异议，说明自己已经按照判决书履行了义务，并请求法院终结执行程序。法院将会对被执行人的异议进行审查，并根据实际情况作出裁定。

三. 处理流程

1. 准备异议材料：被执行人需要准备相关的证据材料，如履行判决书的凭证、双方约定等，以证明自己已经按照判决书履行了义务。
2. 向法院提交异议：将准备好的异议材料提交给负责执行的人民法院，并提出书面异议。
3. 等待法院审查：法院将会对被执行人的异议进行审查，并在规定的时间内作出裁定。
4. 处理裁定结果：如果裁定支持被执行人的异议，法院将会终结执行程序；如果裁定驳回被执行人的异议，被执行人可以考虑是否向上级法院申请复议。

四. 结论与建议

• 结论：被执行人已经按双方约定履行生效的判决书后，原告仍申请执行，被执行人可以向法院提出异议，请求法院终结执行程序。
• 建议：被执行人在提出异议时，应提供充分的证据材料以证明自己的履行情况，并密切关注法院的审查过程和裁定结果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。