当报关公司面临有案件在身的情况时，首先需要冷静分析案件的具体性质和严重程度，然后根据相关法律法规和海关政策，采取积极有效的应对措施。以下是一些建议步骤：

一、了解案件详情

1. 获取案件信息：与海关或相关部门联系，获取案件的详细信息，包括案件名称、行政处罚决定书文号、处罚决定日期、被处罚单位基本情况、作出处罚决定的海关、违法事实等。

2. 分析违法事实：仔细审查违法事实部分，了解报关公司在报关过程中存在的具体问题，如申报不实、漏报税款等。

二、评估影响与风险

1. 评估经济损失：根据案件涉及的漏缴税款金额和可能的罚款金额，评估案件对报关公司造成的经济损失。

2. 评估信用影响：考虑案件是否会对报关公司的信用记录造成负面影响，以及是否会影响未来的业务合作。

三、采取应对措施

1. 主动披露与配合调查：

   • 如果报关公司发现自身存在报关错误或违规行为，应主动向海关报告，并填写《主动披露报告表》，随附相关账簿、单证等材料。
   • 积极配合海关的调查工作，提供真实、准确的信息和证据。

2. 申请减免处罚：

   • 根据《中华人民共和国海关行政处罚裁量基准(一)》等相关规定，报关公司如果符合主动供述海关尚未掌握的违法行为等条件，可以申请减轻行政处罚。
   • 高级认证企业（AEO企业）在主动披露时，可能享有更优惠的政策待遇，如不予行政处罚或减免罚款等。

3. 准备申诉或诉讼：

   • 如果报关公司对海关的处罚决定不服，可以根据《中华人民共和国行政复议法》和《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，向上一级海关申请行政复议或向人民法院提起诉讼。

四、加强内部管理与合规建设

1. 完善报关流程：对报关流程进行全面审查，确保所有报关活动都符合海关法律法规的要求。

2. 加强员工培训：提高员工的报关业务水平和法律意识，确保员工能够准确理解和执行海关政策。

3. 建立风险预警机制：建立风险预警机制，及时发现和纠正潜在的报关风险。

五、关注后续处理与信用修复

1. 关注案件处理进展：及时了解案件的处理进展和结果，确保报关公司的合法权益得到保障。

2. 信用修复：如果案件对报关公司的信用记录造成了负面影响，应积极采取措施进行信用修复，如加强合规建设、提高服务质量等。

总之，当报关公司面临有案件在身的情况时，应保持冷静、积极应对，通过主动披露、配合调查、申请减免处罚等措施来降低风险、减少损失，并加强内部管理与合规建设以防范未来风险。