在投标文件因副本封面未盖公章只有法人签字而被废标的情况下，投诉成立的案例确实存在。以下从法律角度和实际案例出发，为你详细分析这一问题：

一、法律角度分析

在招标投标活动中，招标文件通常会明确规定投标文件的签署、盖章要求。然而，对于投标文件封面是否必须加盖公章，法律并未给出绝对的规定。这主要取决于招标文件的具体要求以及评审过程中的实际操作。

1. 招标文件要求：如果招标文件明确规定投标文件封面必须加盖公章，而投标人未遵守这一规定，那么评审机构有权根据招标文件的规定将其视为无效投标。但需要注意的是，招标文件的规定应当合理、明确，且不得违反法律法规的强制性规定。

2. 评审过程实际操作：在评审过程中，评审机构应当严格按照招标文件的要求进行评审。如果招标文件对封面签署的要求存在歧义或不明确，评审机构应当谨慎处理，避免因误解或误判而导致不公平的评审结果。

二、实际案例分析

以某医学高等专科学校“中药标本馆设施设备项目”为例，该项目的评标结束后，有供应商因投标文件封面没有加盖法人电子印章而被判定为资格审查不通过。供应商对此提出质疑并因质疑答复不满向财政部门提起投诉。财政部门在查阅项目招标文件及供应商投标文件后认为：

1. 投标文件封面不属于招标文件界定的投标文件构成部分：这意味着封面签署情况并不直接影响投标文件的实质性内容。

2. 招标文件对签署要求存在歧义：在《投标文件》中是每一页均需加盖电子公章和法定代表人电子印章，还是其中某些页加盖即可，招标文件并未明确说明。

基于以上两点，财政部门认为投诉事项成立，即供应商因封面未加盖法人电子印章而被判定为资格审查不通过的决定是不合理的。

三、法律建议与后果

1. 法律建议：

   • 投标人在准备投标文件时，应当仔细阅读招标文件的要求，确保投标文件符合所有规定。
   • 如果对招标文件的要求存在疑问或不明确之处，应当及时与招标人或评审机构沟通确认。
   • 在评审过程中，如果发现评审机构存在误解或误判的情况，应当及时提出质疑并寻求救济。

2. 可能的法律后果：

   • 如果投标人因封面未加盖公章而被错误地判定为无效投标，可能会失去中标机会并遭受经济损失。
   • 投标人可以通过质疑、投诉等法律途径来维护自己的合法权益。如果投诉成立，评审机构应当纠正错误决定并重新进行评审。

综上所述，投标文件因副本封面未盖公章只有法人签字而被废标投诉成立的案例确实存在。这主要取决于招标文件的具体要求以及评审过程中的实际操作。投标人在准备投标文件时应当仔细阅读招标文件的要求并确保符合所有规定；在评审过程中如果发现评审机构存在误解或误判的情况应当及时提出质疑并寻求救济。如果你有类似的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。