针对您提出的“交通认定书结果和事实不符，但是双方达成赔偿协议”这一问题，以下是我的详细解答：

结论前置：

1. 若对交通认定书结果有异议，应及时申请复核：尽管双方已达成赔偿协议，但如果您认为交通认定书的结果与事实不符，您仍有权在法定期限内（自道路交通事故认定书送达之日起三日内）向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。这是您的合法权利，不应因已达成赔偿协议而放弃。

2. 赔偿协议的效力与交通认定书的关系：双方达成的赔偿协议是民事法律行为，其效力主要取决于双方的真实意思表示和协议内容是否违反法律法规的强制性规定。交通认定书虽然作为处理交通事故的重要证据，但并非赔偿协议生效或无效的唯一决定因素。因此，即使交通认定书结果与事实不符，赔偿协议在双方自愿、平等、合法的基础上达成，仍可能具有法律效力。

详细分析：

1. 关于交通认定书的复核：

   • 根据《中华人民共和国道路交通事故处理程序规定》第七十一条，当事人对道路交通事故认定或出具的道路交通事故证明有异议的，可以自送达之日起三日内提出书面复核申请。
   • 复核申请应当载明复核请求及其理由和主要证据，且同一事故的复核以一次为限。
   • 若您未在法定期限内提出复核申请，或复核申请未被受理，则交通认定书将作为处理交通事故的重要依据。

2. 关于赔偿协议的效力：

   • 赔偿协议是双方就交通事故造成的损失进行协商并达成的协议，其效力主要取决于双方的真实意思表示和协议内容是否合法。
   • 即使交通认定书结果与事实不符，只要赔偿协议是双方自愿、平等、合法的基础上达成的，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议就可能具有法律效力。
   • 然而，如果赔偿协议存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，或者协议内容违反法律法规的强制性规定，那么该协议可能被视为无效或可撤销。

法律建议：

1. 若对交通认定书结果有异议，请及时提出复核申请：在法定期限内，向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请，并附上相关证据和理由。

2. 仔细审查赔偿协议的内容：在签订赔偿协议前，请务必仔细审查协议内容，确保协议条款明确、合法，且符合您的真实意愿。如有任何疑问或不确定之处，请及时向我咨询。

3. 保留相关证据：在处理交通事故过程中，请务必保留好相关证据，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据在后续可能出现的争议中具有重要作用。

综上所述，尽管双方已达成赔偿协议，但如果您认为交通认定书结果与事实不符，仍有权在法定期限内提出复核申请。同时，在签订赔偿协议前，请务必仔细审查协议内容，并保留好相关证据。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。