关于公积金商转公直还银行收取违约金是否合法的问题，这主要取决于您与原商业银行签署的贷款协议中的具体规定。以下是我对此问题的详细分析：

1. 贷款协议中的规定：

   • 若协议明确规定提前还款（包含商转公）为违约行为并需支付违约金：在这种情况下，银行收取违约金是合法的，因为您在签署协议时已经同意了这一条款。您需要按照协议规定支付相应的违约金。
   • 若协议无此项规定或存在允许提前还款而无需支付违约金的特殊条款：那么银行收取违约金就是不合法的。您有权拒绝支付，并可以与银行协商解决此事。

2. 地区政策的影响：

   • 部分地区为了推动商转公业务，已经出台了相关政策，对商业银行收取此类违约金进行限制。这意味着，在某些地区，即使贷款协议中有相关规定，银行也可能因为政策限制而无法收取违约金。因此，建议您详细了解当地的相关政策。

3. 建议与行动：

   • 详细阅读贷款协议：首先，您需要仔细阅读与原商业银行签署的贷款协议，了解其中关于提前还款和违约金的具体规定。
   • 咨询当地住房公积金管理中心：其次，您可以向当地住房公积金管理中心咨询相关政策，了解在您所在地区，商转公直还时银行是否可以收取违约金。
   • 与银行协商：如果贷款协议中有相关规定，但您认为收取违约金不合理，您可以尝试与银行协商，看是否可以达成某种妥协或解决方案。

4. 法律后果：

   • 如果您拒绝支付合法的违约金，银行可能会采取法律手段来追讨这笔费用，这可能会对您的信用记录产生不良影响。
   • 如果银行在您不同意的情况下擅自收取违约金，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

综上所述，公积金商转公直还银行收取违约金是否合法，主要取决于您与原商业银行签署的贷款协议中的具体规定以及当地的相关政策。建议您详细了解这些情况，并根据自己的实际情况做出相应的决策。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。