交通事故伤者有主治医生签字科室盖章但无医院盖章转院，一般不会影响理赔。以下是对此问题的详细分析：

一. 转院行为的合法性与必要性

根据《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条，侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费等为治疗和康复支出的合理费用。因此，在交通事故中，如果伤者确有必要进行转院治疗，且转入的医院是合法正规的医疗机构，那么这种转院行为是合法的，不会对赔偿产生不利影响。

二. 转院证明的要求

虽然伤者转院时通常需要有医院盖章的证明，但主治医生签字和科室盖章也在一定程度上证明了转院的合理性和必要性。在实际操作中，如果伤者能够提供充分的证据（如主治医生的医嘱、科室盖章的转院建议等）来证明转院是出于治疗和康复的需要，那么即使没有医院盖章，理赔也不会因此受到阻碍。

三. 保险公司的理赔流程

保险公司在处理交通事故理赔时，主要依据的是伤者提供的医疗费用凭证、病历、诊断证明等相关证据。这些证据用于确定医疗费用的合理性和必要性。如果伤者能够证明转院治疗是合理且必要的，那么由此产生的相关费用也应当纳入赔偿范围。

四. 建议与注意事项

• 我建议伤者在决定转院前，尽量与初诊医院沟通并获取医院盖章的转院证明，以避免可能的纠纷和麻烦。
• 如果确实无法获得医院盖章，伤者应确保保留好主治医生签字和科室盖章的转院建议，以及其他相关医疗文件和费用清单，作为理赔的依据。
• 伤者应及时与相关保险公司或责任方沟通，说明转院治疗的必要性和合理性，以便后续赔偿工作的顺利进行。

综上所述，虽然伤者转院时最好有医院盖章的证明，但主治医生签字和科室盖章也在一定程度上具有法律效力。只要伤者能够证明转院治疗是合理且必要的，那么理赔通常不会因此受到影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。