工程预付款比例确实属于合同实质性条款。以下是对这一结论的详细解释：

1. 实质性条款的定义：

   • 实质性内容是指那些对合同的主要权利义务、项目基本要求及投标人权益有重大影响的条款。

2. 工程预付款比例的重要性：

   • 工程预付款约定涉及到资金的支付时间、金额及方式等关键要点，这些方面都与项目的顺利实施及双方权益紧密相连。
   • 支付时间直接影响施工方资金的周转安排，若预付款支付过晚，可能导致施工初期资金紧张，影响项目启动与推进。
   • 金额的多少也至关重要，充足的预付款能让施工方有足够资金采购材料、组织人员，保障项目顺利开展。
   • 支付方式的规定则关乎资金流转的安全性与效率。

3. 法律后果：

   • 工程预付款比例的约定会显著影响投标人的投标决策和项目实施成本，因此它属于招标实质性内容。
   • 招标人在招标文件中应明确、准确地进行规定，投标人也需在投标文件中对相关要求作出实质性响应。

综上所述，工程预付款比例作为合同中的一项关键条款，其约定直接关联到合同双方的主要权利义务和项目的顺利实施，因此它确实属于合同的实质性条款。如有任何关于合同纠纷或刑事辩护的问题，欢迎随时向我咨询。