针对员工在职期间自己开公司的情况，这确实是一个涉及劳动纠纷和可能侵犯原公司权益的复杂问题。以下是一些建议来处理这种情况：

首先，原公司需要仔细评估员工开公司是否涉及到了原公司的商业秘密、客户资源或其他敏感信息的非法使用。如果确实存在这样的情况，原公司应当立即采取行动来保护自己的权益。

一、收集证据

原公司应收集所有能证明员工接触并可能泄露商业秘密的文件、记录或电子邮件等证据。同时，也需要收集新公司利用这些秘密的资料或证据，以证明侵权行为的存在。证据的充分性是后续维权的关键。

二、初步沟通

在掌握了充分证据后，原公司可以尝试与员工进行初步沟通，要求其停止侵权行为，并赔偿因此造成的损失。通过沟通协商解决问题通常更为高效，也有助于保持双方之间的相对和谐关系。

三、法律手段

如果沟通协商未能达成一致，原公司可以考虑采取法律手段来维护自身权益。具体来说，可以向法院提起诉讼，依据《反不正当竞争法》等相关法律法规，要求员工及新公司承担停止侵害、消除影响、赔偿损失等责任。

在诉讼过程中，原公司需要提交充分的证据来证明侵权行为的存在以及因此造成的损失。法院将根据侵权情节和证据情况，判决给予相应的赔偿。如果损失难以确定，法院有权根据侵权情节判决给予权利人五百万元以下的赔偿。

四、申请行为保全

为了防止损失进一步扩大，原公司在诉讼过程中还可以申请行为保全。例如，可以申请禁止员工继续使用相关商业秘密或客户资源，以确保原公司的权益得到最大程度的保护。

综上所述，处理员工在职期间自己开公司的问题需要谨慎而周密的考虑。原公司应充分收集证据，尝试通过沟通协商解决问题，并在必要时采取法律手段来维护自身权益。同时，也要注意保护自己的商业秘密和客户资源等敏感信息，防止类似侵权行为的再次发生。