迟到扣工资是否合法，主要取决于公司规章制度的合法性、扣工资额度的合理性，以及是否存在特殊情况等因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 公司必须有合法有效的规章制度，且该规章制度中应明确规定迟到扣工资的具体条款。
   • 规章制度的制定需经过民主程序，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，应向员工公示或告知，确保员工知晓并同意相关规定。

2. 扣工资额度的合理性：

   • 扣罚的金额应合理，不能过高，且应符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制。
   • 具体来说，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 特殊情况的考虑：

   • 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、交通堵塞等，公司应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
   • 对于无故迟到的情况，公司在合理范围内扣工资是合法的。

综上所述，若公司具备合法有效的规章制度，且扣工资额度合理，同时考虑了特殊情况，那么迟到扣工资是合法的。反之，若公司规章制度不合法、扣工资额度过高或未考虑特殊情况，则迟到扣工资可能不合法。

如果您认为公司扣工资的行为不合法或存在争议，建议您首先与公司协商解决。协商不成的，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。