在基本农田上建设了现代化香菇棚后，是不能进行土地确权的。

首先，我们需要明确基本农田的性质和用途。基本农田是国家为了保护粮食安全而划定的特定区域，其主要用途是种植粮食作物，以确保国家的粮食供应。因此，基本农田有着严格的保护制度，不允许随意改变其用途。

接下来，我们分析在基本农田上建设香菇棚的行为。这种行为实际上改变了基本农田的用途，从种植粮食作物转变为了种植经济作物（香菇）。这种用途的改变是违反国家关于基本农田保护的相关法律法规的。

再来看土地确权的问题。土地确权是指对土地的所有权、使用权等权利进行确认和登记，以保障土地权利人的合法权益。但是，在基本农田上违法建设香菇棚后，由于该行为违反了法律法规，因此是无法进行土地确权的。即使进行了确权，也会因为违法建设而被撤销或宣告无效。

综上所述，在基本农田上建设了现代化香菇棚后，是不能进行土地确权的。建议相关行为人遵守国家关于基本农田保护的法律法规，不要随意改变基本农田的用途，以免面临法律风险和损失。如果你有其他关于土地法律方面的问题，可以直接向我咨询。