关于“侵占农田立案后最怕三个条件”这个问题，其实可以理解为在侵占农田案件立案后，哪些情况或条件可能会对案件处理产生重大影响，甚至可能导致不利后果。以下是我根据专业知识和经验总结出的三个关键条件，并对其进行详细解释：

1. 证据不足或缺失：

   • 解释：在侵占农田案件中，证据是定案的关键。如果证据不足或缺失，如没有明确的土地权属证明、侵占行为的直接证据等，将极大地影响案件的审理和判决。法院在判决时需要依据充分的证据来认定侵占事实，因此，证据的完整性和充分性对于案件结果至关重要。
   • 建议：在发现农田被侵占后，应尽快收集并保存相关证据，包括土地权属证明、侵占前后的照片、视频、证人证言等，以便在立案后能够提供给法院进行审理。

2. 法律适用不明确或存在争议：

   • 解释：侵占农田案件涉及的法律条款可能较多，且在某些情况下，法律适用可能存在不明确或争议的情况。例如，关于土地权属的界定、侵占行为的性质认定等，都可能因法律规定的不明确或理解上的差异而导致案件处理结果的不同。
   • 建议：在遇到法律适用不明确或存在争议的情况时，建议咨询专业律师进行详细的法律咨询和分析。律师可以根据具体案情和法律规定，为当事人提供准确的法律意见和建议，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。

3. 超过诉讼时效：

   • 解释：诉讼时效是指法律规定的在一定期间内，权利人必须行使其请求权的法律制度。如果超过了诉讼时效，权利人将丧失请求法院保护其民事权利的法律制度。在侵占农田案件中，如果权利人长时间未行使权利，超过了诉讼时效，那么即使其后来提起了诉讼，也可能因超过诉讼时效而面临败诉的风险。
   • 建议：在发现农田被侵占后，应尽快向有关部门反映并寻求法律救济。同时，要注意保留相关证据和记录，以便在需要时能够证明自己的权利主张未超过诉讼时效。

综上所述，侵占农田立案后最怕的三个条件分别是证据不足或缺失、法律适用不明确或存在争议以及超过诉讼时效。为了避免这些不利后果的发生，建议当事人在发现农田被侵占后尽快采取行动，收集证据、咨询专业律师并寻求法律救济。