在运输合同纠纷中，主张合同继续履行的理由通常基于合同法的相关规定以及合同的具体条款。以下是一些常见的理由：

1. 合同有效性：

   • 首先，合同必须是有效且未被解除的。如果合同因某种原因被认定为无效或已被双方协商一致解除，则无法继续履行。
   • 在合同有效的情况下，双方应按照合同约定履行各自的义务，包括运输方应按时、按量、按质完成运输任务，托运方应支付相应的运费。

2. 合同义务未履行完毕：

   • 如果合同中的义务尚未履行完毕，且不存在履行障碍，则主张继续履行合同是合理的。
   • 例如，运输方已部分完成运输任务，但尚未全部完成，此时托运方要求继续履行合同，运输方应继续完成剩余的运输任务。

3. 违约方未构成根本性违约：

   • 如果违约方的行为未构成根本性违约，即违约行为并未导致合同目的无法实现，则非违约方有权要求违约方继续履行合同。
   • 例如，运输方因某种原因暂时延误了运输，但并未导致托运方的货物无法按时到达或造成重大损失，此时托运方可以要求运输方继续履行合同并承担相应的违约责任。

4. 合同存在继续履行的可能性：

   • 合同继续履行的前提是存在继续履行的可能性。如果因不可抗力、合同标的物灭失等原因导致合同无法继续履行，则无法主张继续履行。
   • 在判断合同是否存在继续履行的可能性时，应综合考虑合同的性质、履行情况、双方当事人的意愿以及外部环境等因素。

5. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 因此，在运输合同纠纷中，主张合同继续履行具有明确的法律依据。

综上所述，运输合同继续履行的理由主要包括合同的有效性、合同义务未履行完毕、违约方未构成根本性违约、合同存在继续履行的可能性以及明确的法律依据。在主张合同继续履行时，应综合考虑这些因素，并依据合同法和相关法律规定进行论证和主张。