公司仅与员工签订保密协议是有效的，但前提是保密协议必须满足一定的法律要求。以下是对这一问题的详细分析：

保密协议有效的条件

1. 主体适格：

   • 公司作为合法存续的民事主体，有资格与员工签订协议。
   • 员工需具备完全民事行为能力，通常要求年满18周岁且精神状态正常，或虽未满18周岁但以自己的劳动收入为主要生活来源。

2. 意思表示真实：

   • 双方签订协议的意思表示应当是真实、自愿的，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。

3. 内容合法合规且明确合理：

   • 保密信息范围应合理，明确纳入企业确实拥有的商业秘密、技术秘密等合法权益范围内的信息。
   • 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，如限制员工离职后的基本就业权等违法条款无效。
   • 协议应在保护企业商业秘密和保障员工合法权益之间寻求平衡，特别是在约定保密期限、竞业限制期限、补偿标准等方面要公平合理。
   • 对于负有保密义务且受竞业限制的员工，企业应按月给予经济补偿。

4. 形式合法：

   • 保密协议应采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以便明确权利和义务，在发生纠纷时作为证据使用。

法律依据

• 《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定了民事法律行为有效的条件，包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定和不违背公序良俗。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条明确了用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定竞业限制条款及经济补偿。

特殊情况

• 如果保密协议存在违反法律强制性规定、显失公平或者存在欺诈、胁迫等情形，可能会被认定为无效。
• 员工离职后，保密协议仍具有法律效力。若员工违反保密义务，将承担民事责任甚至刑事责任。

综上所述，公司与员工签订的保密协议在符合上述条件的情况下是有效的。这份协议不仅为公司提供了法律上的保障，也督促员工严格遵守公司的保密规定，维护公司的商业利益。如果公司在签订保密协议方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。