分居三个月是可以起诉离婚的，但法院是否会判决离婚，主要取决于夫妻感情是否确已破裂，而分居时长仅是判断感情状况的一个参考因素。

在我国，婚姻自由是宪法赋予公民的基本权利，包括结婚自由和离婚自由。因此，无论夫妻是否分居或分居时间多久，只要一方认为夫妻感情已经破裂，无法继续共同生活，都有权向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。这是法律赋予每个公民的合法权益。

然而，需要注意的是，法院判决离婚的法定标准是“夫妻感情确已破裂”。分居时长只是作为判断夫妻感情状况的一个参考因素，而非决定性因素。在实际操作中，法院在审理离婚案件时，会综合考虑多种因素来判断夫妻感情是否确已破裂，这些因素包括但不限于双方的婚姻基础、婚后感情、离婚原因、夫妻关系的现状以及有无和好的可能等。

具体来说，即便分居时间未达到《民法典》中提到的“因感情不和分居满二年”，但如果能够提供充分的证据证明夫妻感情已经破裂，如分居期间的通讯记录、生活照片、证人证言等，法院仍然有可能判决离婚。同时，如果法院第一次判决不准离婚，当事人可以在判决生效六个月后再次起诉离婚。通常情况下，第二次起诉时，法院判决离婚的可能性会相应增大。

因此，在决定起诉离婚之前，建议双方先尝试通过沟通、协商来解决问题，看是否有和好的可能性。如果确实无法挽回婚姻关系，再考虑通过法律途径来解决争议，并准备好相关证据来证明夫妻感情确已破裂。在向法院提起离婚诉讼后，要积极举证并清晰表达离婚意愿和理由，以增加获得法院支持的可能性。