交通肇事法院判决未生效时，可以吊销机动车驾驶证。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 《道路交通安全法》第一百零一条第一款规定：“违反道路交通安全法律、法规的规定，发生重大交通事故，构成犯罪的，依法追究刑事责任，并由公安机关交通管理部门吊销机动车驾驶证。”此条款明确指出，构成犯罪即应吊销机动车驾驶证，并未限定必须经过法院判决有罪。

2. 文义解释：

   • 从文义上看，“构成犯罪”与“追究刑事责任”是并列关系，吊销机动车驾驶证是另一种并行的处罚措施。检察机关的相对不起诉决定，只是免除了刑罚，但并未否定犯罪嫌疑人的犯罪行为，因此不影响吊销驾驶证的行政处罚。

3. 法律位阶：

   • 《道路交通安全法》是由全国人大常委会制定并通过的法律，其法律效力位阶高于部门规章和规范性文件。因此，当《道路交通事故处理程序规定》等下位法与《道路交通安全法》存在冲突时，应优先适用《道路交通安全法》。

4. 逻辑判断：

   • 交通肇事罪的犯罪嫌疑人若因自首、赔偿谅解等因素被检察机关相对不起诉，但其违反交通管理法规且造成重大事故的后果依然存在。若免除其行政责任，将是对其违法行为的放纵，也可能对公共安全造成潜在危险。因此，从逻辑上讲，应当吊销其机动车驾驶证。

综上所述，交通肇事法院判决未生效时，公安机关交通管理部门可以依据《道路交通安全法》的相关规定，吊销犯罪嫌疑人的机动车驾驶证。这一做法既符合法律规定，也体现了对交通安全的重视和对违法行为的惩罚。