在法院咨询时，配偶让签字按手印，是可以拒绝的。下面我来详细解释一下这个问题：

首先，签字按手印通常意味着对某份文件或协议内容的认可，并愿意承担相应的法律责任。在法院咨询的过程中，如果配偶被要求签字按手印，这往往与某个法律程序或文件有关。

然而，每个人都有权利自主决定是否要签署任何文件，特别是当这份文件可能涉及到自身的法律权益时。因此，如果配偶在法院咨询时被要求签字按手印，但对此有疑虑或不同意，是完全有权拒绝的。

拒绝签字按手印可能会带来一些法律后果，比如可能会影响案件的进程或结果，但这并不意味着配偶必须无条件地服从。在做出决定之前，配偶应该仔细考虑自己的权益，并咨询专业的法律人士（比如像我这样的律师）以获取更详细的法律建议。

此外，如果配偶认为签字按手印的要求存在不合法或不合理的情况，也可以向法院提出异议，并要求法院给出合理的解释或依据。

总之，在法院咨询时，配偶有权根据自己的意愿决定是否签字按手印，并且在做出决定之前应该充分了解相关情况并咨询专业法律人士的意见。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。