针对“未按二手车流通管理办法备案怎么处罚”的问题，以下是根据相关规定给出的详细解答：
首先，我们需要明确的是，《二手车流通管理办法》是规范二手车市场流通秩序、保障消费者权益的重要法规。按照该办法及相关文件的要求，二手车销售企业、交易市场等市场主体需要进行备案管理。
对于未按要求备案的市场主体，根据《二手车流通管理办法》及其实施意见等相关规定，商务主管部门将采取一系列监管措施。具体来说：
提出警告、限期改正：对于未在规定期限内向商业主管部门备案，且经营秩序混乱、交易行为失控、市场管理无序、违规经营严重的二手车交易市场和经营主体，商业主管部门将首先提出警告，并要求其限期改正。
行政处罚：如果市场主体在收到警告后仍未按规定进行备案或改正违规行为，商务主管部门将依据相关法律法规进行行政处罚。行政处罚的具体种类和幅度会根据违规行为的严重程度和性质来确定。
其他限制措施：除了直接的行政处罚外，商务主管部门还可能在试点示范等工作中对未按规定备案的市场主体进行限制，例如限制其参与某些政策扶持项目或优惠活动。
协同监管：此外，商务主管部门还会加强与公安、工商、税务等部门的协同监管，共同打击二手车市场中的违法违规行为。对于未按规定备案、报送相关交易信息、核对交易双方和车辆相关信息及凭证等违规行为，各部门将依法依规予以处理。
综上所述，未按《二手车流通管理办法》进行备案的市场主体将面临警告、限期改正、行政处罚以及其他限制措施等处罚。因此，建议二手车销售企业、交易市场等市场主体务必按照相关规定及时进行备案，并规范自身的经营行为，以确保合规经营并保障消费者的合法权益。