有合同纠纷的公司能申请破产清算。但申请破产清算需满足一定的条件，并遵循法定的程序。

首先，公司需要全面评估自身的财务状况，确定是否确实无法清偿到期债务，或者资产是否明显不足以清偿全部债务。这是申请破产清算的基本前提。

其次，即使公司存在合同纠纷，只要这些纠纷不影响公司破产清算的进行，或者可以通过破产清算程序一并解决，那么公司仍然可以申请破产清算。在申请过程中，公司需要向法院提交详细的破产申请文件，包括公司的资产负债状况、债务清单、涉及的合同纠纷详情以及申请破产的原因等。

法院会对这些文件进行严格的审查，以确定公司是否真的符合破产的标准。如果审查通过，法院将受理公司的破产申请，并指定破产管理人负责公司的资产清算和债务偿还等工作。

需要注意的是，如果公司的合同纠纷正在进行中，且有可能通过协商、调解或诉讼等方式解决，那么破产程序可能会因此暂停，待纠纷解决后再根据实际情况决定是否继续破产程序。

总之，有合同纠纷的公司可以申请破产清算，但需要在全面评估自身财务状况和合同纠纷情况的基础上，遵循法定的程序和要求进行申请。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。