不接受招标文件合同部分条款，在一般情况下，并不意味着该条款自动无效。具体分析如下：

1. 招标文件与合同条款的关系：

   • 招标文件是合同订立过程中的一部分，通常包含了合同的主要条款和条件。
   • 投标人在提交投标文件时，应当对招标文件中的条款进行仔细审查，并在必要时提出异议或澄清。

2. 不接受条款的法律效果：

   • 如果投标人在投标文件中明确表示不接受招标文件中的某些条款，那么这些条款在双方之间可能不会产生约束力。
   • 然而，这并不意味着这些条款自动无效。如果双方在后续协商过程中就这些条款达成了共识，或者通过其他方式（如补充协议）对这些条款进行了确认，那么这些条款仍然可能成为合同的有效组成部分。

3. 可能产生的法律后果：

   • 如果双方就招标文件中的条款存在分歧，且无法达成一致，那么这可能会导致合同无法成立或者成立后出现争议。
   • 在这种情况下，双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。

4. 建议：

   • 在参与招标活动时，投标人应当仔细阅读招标文件，对其中的条款进行充分理解和评估。
   • 如果对招标文件中的某些条款有异议，应当及时与招标方进行沟通，寻求解决方案。
   • 如果双方无法就异议条款达成一致，投标人应当谨慎考虑是否继续参与投标活动，以避免可能的法律风险和纠纷。

综上所述，不接受招标文件合同部分条款并不直接导致该条款无效。双方应当通过协商和沟通来解决分歧，并在必要时寻求法律途径来维护自身权益。