法定代表人持有公章的事实并不能直接代表公司意志。具体分析如下：
一. 公章的法律效力和保管
公章的法律效力：根据《企业法人登记管理条例》第16条，企业法人可以刻制公章进行经营活动，加盖公章的文件一般可认为是代表了公司法人意志。但公章也可能存在擅自加盖的情形，因此，仅有公章印鉴尚不足以说明为署名公司的合法授权。
公章的保管与使用：我国公司法并未明确规定公章的保管者，现实生活中公章交由非特定人保管和使用的情况也日渐增多。为了避免混乱，公司应通过章程明确约定，并建立印章管理制度。
二. 法定代表人的意定与法定
法定代表人的选任：根据《公司法》第十三条，公司法定代表人由董事长、执行董事或经理担任，并依法登记。法定代表人的变更需办理变更登记。
法定代表人的授权范围：根据《民法总则》第61条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。但在某些情况下，如公司对外投资或为他人担保时，需由董事会、股东（大）会决议，这是对法定代表人权限的限制。
三. 法定代表人与公章持有人的关系
法定代表人高于公章的效力：当法定代表人和公章持有人非同一人，且出现两者均认为自己代表公司意志的情况时，应认定法定代表人作为公司意志代表机关，可以代表公司的真实意思。因为公章并非当然具备合法性、真实性，尚不足以独立、直接被认定代表公司的真实意思。
证照返还纠纷的解决：若公章持有人与法定代表人不一致，法定代表人可以通过提起“公司证照返还之诉”来实现权利救济。根据《民事诉讼法》的有关规定，法定代表人无须特别授权即为公司的诉讼代表人。
我建议：在公司运营中，应明确法定代表人的权限和公章的管理制度，以避免因两者不一致而引发的纠纷。同时，若出现此类纠纷，应及时通过法律途径解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。