公司合伙人退股时，应按照合伙协议或协商确定的方式，基于退股时的合伙企业财产状况进行清算，并扣除退股人应承担的损失后，计算其应得的财产份额。具体分析如下：

一. 退股清算的基本原则

1. 按照合伙协议处理：合伙人退股时，首先应依据双方间的合伙协议来处理。合伙协议中应明确退伙时财产份额的退还办法，以及亏损分担方式。

2. 协商处理：如果合伙协议中对此没有明确约定的，则应由双方通过协商来处理。原则上应将退股人的出资退回，并参照双方所约定的盈利分配比例来对合伙期间的盈利或亏损进行分割。

二. 退股清算的具体计算

1. 确定合伙企业财产状况：需要明确合伙企业在退股时点的资产状况，包括现金、存货、固定资产等各项资产的价值，同时梳理出企业的负债情况，如应付账款、银行贷款等。

2. 计算净资产：资产减去负债的余额即为企业的净资产，这是可供分配的利润基础。

3. 分配财产份额：根据合伙人在企业中的权益比例（如合伙协议中明确约定的比例），乘以企业的净资产，得出退股人应得的财产份额。

4. 扣除损失：如果退股人对合伙企业造成的损失负有赔偿责任的，应相应扣减其应当赔偿的数额。

三. 特殊情况的考虑

• 如果企业在退股前有未完成的项目或合同，这些项目或合同的收益或损失也需要在计算时进行合理的分摊。
• 还需要考虑到合伙人在企业经营过程中可能享有的其他权益，如工资、奖金等，如果这些权益尚未结算，也需要在计算时一并处理。

四. 法律依据

• 根据《合伙企业法》第五十二条，退伙人在合伙企业中财产份额的退还办法，由合伙协议约定或者由全体合伙人决定，可以退还货币，也可以退还实物。
• 根据《合伙企业法》第五十三条，退伙人对基于其退伙前的原因发生的合伙企业债务，承担无限连带责任。

综上所述，公司合伙人退股时的清算是一个综合考量的过程，需要依据合伙协议、协商结果以及合伙企业的实际财产状况来确定。我建议在实际操作中，应严格按照法律法规和合伙协议的规定进行，以确保清算的公平性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。