针对您提出的“采购项目质疑中标人证书造假，代理机构怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当招标代理机构收到关于中标人证书造假的质疑时，应立即启动质疑处理流程。这一流程通常包括以下几个关键步骤：

1. 初步答复与调查：

   • 代理机构应在收到质疑函后的法定期限内（通常为7个工作日）作出初步答复。
   • 初步答复应基于现有材料，对质疑内容进行初步评估，并告知质疑供应商下一步的处理流程。
   • 如需进一步调查，代理机构可以组织原评标委员会协助答复质疑，但不得组建新的评审委员会重新评审。

2. 证据收集与核实：

   • 代理机构可以通过官方网站、相关机构或行政监督部门等渠道，对中标人提供的证书信息进行核实。
   • 在本案例中，代理机构通过联系中国图学会发函核实BIM证书的真实性，并请行政监督部门盖章确认，以增强公信力。
   • 代理机构应确保取证方式的规范性和有效性，并积极跟踪进展。

3. 保障程序充分到位：

   • 代理机构应给予被质疑的中标人充分的陈述和申辩机会，确保其合法权益得到保障。
   • 在本案例中，代理机构多次发函给第一中标候选人，要求其说明证书情况，并给予了澄清机会。

4. 处理结果与公示：

   • 根据调查结果，如果确认中标人证书造假，代理机构应依法取消其中标资格，并没收保证金。
   • 处理结果应及时向质疑供应商、中标人以及相关部门进行公示，确保信息的透明度和公正性。

5. 后续跟进与总结：

   • 代理机构应对整个处理过程进行总结和反思，分析存在的问题和不足，以便在未来的工作中加以改进。
   • 同时，代理机构还应加强对投标人的诚信教育和监管力度，防范类似事件的再次发生。

综上所述，当采购项目质疑中标人证书造假时，代理机构应严格按照相关法律法规和程序进行处理。通过高效紧凑的调查程序、规范有力的取证方式、充分到位的保障程序以及客观公正的处理结果，有效维护招投标活动的公平公正和招标公信力。