医疗机构发现多起过度检查和不合理用药的情形，监管部门可以一并进行处罚。具体分析如下：

一. 过度检查和不合理用药的性质

• 过度检查和不合理用药均属于医疗行为中的不当行为，违反了医疗规范和诊疗常规。
• 这些行为不仅损害了患者的利益，也影响了医疗资源的合理分配和使用。

二. 处罚的法律依据

• 根据相关法律法规，如《医疗机构管理条例》等，医疗机构应当遵守医疗规范和诊疗常规，确保医疗行为的安全、有效、合理。
• 对于违反规定的行为，监管部门有权进行处罚，以维护医疗秩序和患者权益。

三. 一并处罚的合理性

• 当医疗机构被发现存在多起过度检查和不合理用药时，这些行为往往不是孤立的，而是反映出医疗机构在管理和监督上的不足。
• 一并处罚可以更有效地震慑医疗机构，促使其加强内部管理，规范医疗行为。
• 同时，一并处罚也有助于提高监管效率，减少监管成本。

四. 处罚的具体实施

• 监管部门在发现多起过度检查和不合理用药后，应进行详细的调查和取证。
• 根据调查结果，监管部门可以依据相关法律法规对医疗机构进行处罚，处罚措施可能包括警告、罚款、吊销执业许可证等。
• 处罚决定应公开透明，以接受社会监督。

我的观点：医疗机构发现多起过度检查和不合理用药的情形时，监管部门完全有权力也有必要一并进行处罚。这不仅有助于维护医疗秩序和患者权益，也是促进医疗资源合理分配和使用的重要手段。如有进一步需要，您可以继续咨询我。