关于农商银行提前还房贷三年后是否会有违约金的问题，这主要取决于您与农商银行签订的房贷合同中的具体条款。但根据一般行业惯例和大多数银行的规定，如果您已经按照合同约定的还款计划按时逐期还满了三年，那么之后再去申请提前还款，通常是不需要缴纳违约金的，您只需偿还剩余的本金即可。

一般来说，银行对于提前还款收取违约金的情况，主要发生在客户办下房贷后还款尚未满一年或者还款期限较短（如不到三年）的情况下。这是为了保障银行的利益，因为银行在贷款初期会承担较大的资金成本和风险。而随着还款时间的延长，银行的风险逐渐降低，因此对于长期按时还款的客户，银行通常会给予一定的优惠，不再收取违约金。

当然，具体的违约金规定可能因银行而异，有的银行可能会根据还款时间的长短来收取不同比例的违约金，比如不满一年提前还款会收取提前还款金额的3%作为违约金，1到2年内提前还款会收取2%，2到3年内提前还款会收取1%，而3年之后则不再收取。也有的银行可能会以收取几个月的利息作为违约金的形式来执行。

为了更准确地了解您的情况，我建议您直接查阅您与农商银行签订的房贷合同，或者联系农商银行的客服部门进行咨询。他们将能够根据您的合同条款和还款情况，给出最准确的答复。

总的来说，如果您已经按时还款满了三年，那么根据一般行业惯例，您提前还款时很可能不需要支付违约金。但最好还是以您的合同条款和银行的具体规定为准。