一般来说，专用条款的效力优先于合同协议书，除非双方另有约定。下面我为您详细解释：

在合同纠纷中，合同协议书和专用条款都是合同的重要组成部分，但它们之间的效力可能会存在差异。根据《合同法》的相关规定，以及一般的合同解释原则，当合同协议书与专用条款发生冲突时，通常会认为专用条款具有更优先的效力。这是因为专用条款往往是针对特定事项或特定情境而制定的，更加具体和明确，能够更好地反映双方当事人的真实意图。

当然，这一原则也并非绝对。如果双方当事人在合同协议书中明确约定了某些条款的优先效力，或者通过其他方式（如补充协议、备忘录等）对条款的效力进行了特别约定，那么这些约定也应当得到尊重和执行。

因此，在处理合同纠纷时，我们需要仔细审查合同文本，包括合同协议书和专用条款，以及双方当事人的其他约定，以确定各条款的效力和优先顺序。如果您在这方面遇到了问题，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。