当公司员工自动离职时，处理该情况需要遵循一定的法律程序和公司内部规定。以下是对该问题的详细解答：

一、自动离职的认定

自动离职通常指的是劳动者在未履行解除劳动关系手续的情况下，擅自离开工作岗位，或者解除手续未办理完毕便离开单位。这包括但不限于因辞职或要求解除合同未被同意而擅自出走，未说明原因不辞而别，或受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等情形。

二、自动离职与解除合同的区分

1. 自动离职与劳动者单方解除劳动合同的区别：

   • 劳动者在法定情形下享有预告解除和即时解除劳动合同的权利，但除特定情形外，劳动者在行使这些权利时应告知用人单位。
   • 自动离职则通常未履行告知义务，若给用人单位造成损失，劳动者需承担赔偿责任。

2. 自动离职与用人单位解除劳动合同的区别：

   • 用人单位解除劳动合同是基于劳动者的过错或其他法定事由，而自动离职是劳动者单方面的行为。
   • 用人单位在劳动者自动离职后，可基于法律规定和内部规章制度作出解除劳动合同的决定。

3. 自动离职与双方协商一致解除劳动合同的区别：

   • 双方协商一致解除劳动合同需要劳动者和用人单位之间的合意，而自动离职则缺乏这一要素。

三、自动离职的处理步骤

1. 确认自动离职事实：

   • 用人单位应确认劳动者有离开企业且在规定时限内不愿回企业的主观意愿，未履行相关手续或虽履行了手续但未经企业批准，以及超过规定的时限。
   • 用人单位需承担举证责任，如提供考勤表等证据证明劳动者无正当理由未提供劳动。

2. 审查解除劳动合同的合法性：

   • 用人单位应审查其依据的规章制度的合法性，包括是否经过民主制定程序、是否已公示或告知劳动者等。
   • 用人单位解除劳动合同的决定应告知工会，并送达至劳动者。

3. 平衡劳动者权益与用人单位利益：

   • 在处理自动离职案件时，既要防止用人单位违法解除不存在自动离职事实的劳动者，也要考虑用人单位在劳动者自动离职情形下的合法权益。
   • 对于劳动者严重违反劳动纪律的，用人单位可以依法解除劳动合同，并可根据实际情况追究其赔偿责任。

四、注意事项

• 用人单位应避免将不辞而别直接视为“自动离职”而不再做后续处理，因为这存在法律风险。
• 在处理自动离职案件时，用人单位应严格遵守《劳动合同法》等现行法律法规的规定，确保操作的合法性和规范性。
• 用人单位应建立健全的内部规章制度，明确自动离职的认定和处理流程，以确保在处理此类案件时有据可依。

综上所述，处理公司员工自动离职的情况需要谨慎而细致。用人单位应依法依规进行操作，确保既维护了自身的合法权益，又尊重了劳动者的权益。