首先，需要明确的是，电子眼拍摄摩托车违章的行为，本身并不涉及“合法”或“不合法”的评判，因为电子眼是交通管理部门用于监控道路交通情况、捕捉交通违章行为的工具。其合法性在于其使用是否符合相关法律法规的规定以及是否侵犯了个人隐私等权益。

针对“电子眼拍摩托车违章怎么拍才合法”这一问题，从实际操作和法律合规的角度，可以给出以下建议：

1. 确保设备合法安装与使用：

   • 电子眼设备的安装位置、角度、拍摄范围等需要符合交通管理部门的规定，不能侵犯个人隐私或公共利益。
   • 设备需要经过定期校准与维护，确保拍摄清晰、准确，避免因设备故障导致的误拍或漏拍。

2. 遵守相关法律法规：

   • 拍摄违章行为需基于明确的法律依据，如《中华人民共和国道路交通安全法》等，不能随意扩大拍摄范围或滥用拍摄权限。
   • 拍摄的数据需要妥善保存与管理，确保数据安全与隐私保护，避免数据泄露或被不当使用。

3. 保障被拍摄者的合法权益：

   • 在拍摄违章行为时，应确保通知到违章者，并给予其合理的申诉渠道与期限。
   • 对于误拍或争议拍摄，应建立快速响应机制，及时处理误拍申诉，避免长时间拖延导致不满或投诉。

4. 公开透明与接受监督：

   • 交通管理部门应公开电子眼的使用规定、拍摄标准与流程，接受社会公众与违章者的监督，确保拍摄行为的公正性与透明度。

综上所述，电子眼拍摄摩托车违章的“合法”性，主要体现在其安装、使用、管理均符合法律法规，且尊重了公民的合法权益。作为车主或驾驶者，也应自觉遵守交通规则，避免违章行为的发生，从而从根本上避免被电子眼拍摄到违章记录。如果你有任何关于交通法律的问题，或者想要了解更多关于电子眼拍摄违章的详细规定，可以直接向我咨询，我作为一名专业律师，擅长处理各类交通法律事务，能够为你提供专业的法律咨询。