诈骗999元一般不能立案为刑事案件，但可作为治安案件处理。具体分析如下：

1. 从刑事立案标准看：

   • 根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条，诈骗公私财物价值三千元至一万元以上、三万元至十万元以上、五十万元以上的，应当分别认定为刑法第二百六十六条规定的“数额较大”“数额巨大”“数额特别巨大”。
   • 由于999元未达到“数额较大”的3000元起点，因此一般情况下不构成诈骗罪，公安机关不会以刑事案件立案。

2. 从治安管理处罚角度看：

   • 虽然诈骗999元不构成犯罪，但属于违反治安管理的行为。
   • 《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十九条规定：盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或者故意损毁公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。
   • 这意味着公安机关可依据该法对行为人进行行政处罚。

3. 特殊情形下的刑事立案可能性：

   • 若行为人存在多次实施诈骗、结伙诈骗等情节，即使单次诈骗金额不足3000元，也可能因累计数额或情节严重性被追究刑事责任。

综上所述，诈骗999元通常不会达到刑事案件的立案标准，但公安机关可以依据《治安管理处罚法》对行为人进行行政处罚。同时，如果行为人存在多次诈骗或其他严重情节，仍有可能被追究刑事责任。如果你遭遇了诈骗事件，建议及时向公安机关报案，并保留好相关证据，以便后续处理。