关于“瑕疵出资由谁来认定”的问题，我可以给出以下详细的解答：

瑕疵出资的认定主体通常为公司、其他股东或相关利益方，并可能涉及法院或仲裁机构的最终裁决。

1. 公司内部认定：

   • 公司自身可以通过内部审计或股东会决议等方式，对股东的出资情况进行审查，并认定是否存在瑕疵出资。
   • 如果公司发现股东未履行或未全面履行出资义务，可以催告股东在合理期限内补足出资。

2. 其他股东认定：

   • 其他股东作为公司的共同出资人，也有权对股东的出资情况进行监督，并可能提出瑕疵出资的认定。
   • 在某些情况下，其他股东可以通过诉讼或仲裁等方式，要求瑕疵出资的股东承担相应责任。

3. 法院或仲裁机构认定：

   • 如果公司或其他股东与瑕疵出资的股东之间无法就出资问题达成一致，可以诉诸法院或仲裁机构进行裁决。
   • 法院或仲裁机构将依据相关法律法规和证据材料，对瑕疵出资进行认定，并作出相应的裁决。

在瑕疵出资的认定过程中，需要综合考虑多种因素，如出资协议、公司章程、股东会决议、审计报告等。同时，瑕疵出资的股东可能需要承担补缴出资、承担违约责任等法律后果。因此，对于瑕疵出资的认定和处理，建议公司、股东及相关利益方咨询专业律师，以确保合法合规并维护自身权益。

如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。