旷工扣工资一般不会连加班工资一起扣。下面我来详细解释一下这个问题：

工资构成与旷工扣款

工资通常由基本工资、加班工资等多个部分组成。基本工资是员工在正常工作时间理应获得的酬劳，而加班工资则是员工在正常工作时间之外额外付出劳动所应得到的报酬。旷工指的是员工未依照规定正常出勤，一般应当从基本工资里扣除相应的旷工工资，依照单位合法的考勤制度来执行扣除的比例。

加班工资与旷工无直接关联

加班工资是基于劳动者加班的事实而产生的合法收入，与旷工这种未正常出勤的情形没有直接关联。因此，从法律关系上看，旷工扣款通常不会涉及加班工资部分。

特殊情况下的处理

然而，如果单位的规章制度明确规定旷工扣工资包含加班工资，并且该制度是经过民主程序制定以及公示等合法程序的，那么可能会出现不同的情况。但这样的规定可能存在不合理之处，员工对此有不同意见时，可以与单位进行协商，协商无果的话，还可以向劳动监察部门进行反映或者申请劳动仲裁。

法律建议

1. 查看单位规章制度：首先，建议员工查看单位的规章制度，了解旷工扣款的具体规定。
2. 与单位沟通：如果对扣款有疑问，可以与单位的人事部门或财务部门进行沟通，了解扣款的详细情况。
3. 维护合法权益：如果认为单位的扣款行为不合法或不合理，可以向劳动监察部门进行反映或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，旷工扣工资一般不会连加班工资一起扣。但如果遇到特殊情况，建议员工根据自己的实际情况和单位的规章制度来综合判断，并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。