打卡机没打上但上班了扣工资通常是不合法的，除非公司的规章制度有明确规定且该规定合理合法。下面我详细解释一下：

法律规定

根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。打卡仅是考勤管理的一种方式，并非判定出勤的唯一标准。若员工正常出勤，即提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。仅因未打卡就扣工资，属于克扣劳动者工资，违反上述法律。

合法扣工资的情况

1. 规章制度明确且经过法定程序：如果用人单位的规章制度中明确规定了未打卡要扣工资，并且该规章制度是依法制定的（经过了民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），且已向劳动者公示或告知，那么在这种情况下，按照规章制度扣工资可能具有合法性基础。

2. 扣薪标准合理：即便有合法有效的规章制度，扣薪的标准也应当合理，不能过高或明显不合理。扣除后的工资也不得低于当地最低工资标准。

不合法扣工资的情况

1. 缺乏制度依据或制度不合法：若用人单位没有关于未打卡扣工资的相关规章制度，或者规章制度未经法定程序制定、未向员工公示告知，或者规章制度本身与劳动法相抵触，那么扣工资行为就是不合法的。

2. 扣工资影响基本生活：忘记打卡并不等同于劳动者没有提供劳动，如果直接扣发工资，特别是影响劳动者基本生活的扣发，实质上是对劳动者获取劳动报酬权利的侵害，这种扣工资行为也是不合法的。

劳动者应对措施

1. 沟通协商：首先与公司进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并要求公司提供相应的规章制度文本。

2. 投诉举报：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，请求其介入调查并处理。

3. 法律途径：依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，打卡机没打上但上班了扣工资通常是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和应对措施，必要时可通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。