网商银行在借款人逾期后自动扣除银行卡的钱是合法的，但前提是必须遵循相关法律法规和合同约定。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律依据
合同约定：
- 借款人在申请贷款时，会与网商银行签订借款合同。合同中通常会明确约定还款方式、还款期限以及逾期还款的违约责任等。
- 如果合同中包含了允许贷款公司在逾期情况下自动从借款人的银行卡中扣款的条款，那么网商银行在借款人逾期后有权依据合同约定进行自动扣款。
法律法规授权：
- 根据《中华人民共和国合同法》（现已被《中华人民共和国民法典》合同编所取代）的相关规定，当事人可以约定按照约定期限支付借款利息和本金。这意味着，如果合同中有关于逾期自动扣款的约定，该约定是合法的。
- 《中华人民共和国民法典》也规定了借款人应当按照约定的期限返还借款，未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。这为网商银行在借款人逾期后采取扣款措施提供了法律依据。
二. 实际操作中的注意事项
通知与提醒：
- 网商银行在启动自动扣款前，通常会通过短信、电话等方式提醒借款人尽快还款，并给予一定的宽限期。这是为了确保借款人有足够的时间准备还款，避免不必要的扣款。
扣款程序的合规性：
- 网商银行在扣收借款人储蓄卡资金时，应遵循合法、合规的原则，确保扣收行为的合法性和正当性。
- 扣款金额应与逾期应还款项相符，不得超出合同约定或法律规定的范围。
三. 借款人权益保护
知情权与选择权：
- 借款人在签订合同时应仔细阅读并理解合同条款，特别是关于逾期还款和自动扣款的条款。
- 如果借款人不同意自动扣款条款，可以选择不签订该合同或要求修改相关条款。
异议与申诉：
- 借款人对网商银行的扣款行为有异议时，可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向相关银行申请冻结账户以停止逾期自动扣款，或者通过投诉、调解、起诉等方式寻求解决。
四. 总结与建议
总结：
- 网商银行在借款人逾期后自动扣除银行卡的钱是合法的，但前提是必须遵循相关法律法规和合同约定。借款人应仔细阅读并理解合同条款，特别是在签订合同时要注意关于逾期还款和自动扣款的条款。
建议：
- 借款人应合理规划自己的财务状况，确保按时还款以避免逾期。
- 如遇到资金周转困难无法按时还款的情况，应及时与网商银行沟通并寻求解决方案。
- 借款人在维护自身权益时，应保留相关证据并理性冷静对待纠纷，通过合法途径维护自己的合法权益。
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