申请人补充提交的证据在装卷时，其顺序通常遵循一定的规则以确保案卷的整洁、有序和便于查阅。虽然具体的装卷顺序可能因地区、机构或案件类型的不同而有所差异，但一般来说，可以参考以下通用的装卷原则来确定申请人补充提交证据的装卷顺序：

1. 原有证据材料之后：

   • 通常情况下，申请人补充提交的证据应放置在原有证据材料之后。这是为了保持案卷的时间顺序和逻辑性，便于仲裁员或法官在审阅案卷时能够清晰地了解案件的发展过程和各方当事人的举证情况。

2. 按照提交时间排序：

   • 如果申请人在案件处理过程中多次补充提交证据，那么这些证据应按照提交的时间顺序进行排序。先提交的证据放在前面，后提交的证据放在后面。

3. 保持证据完整性：

   • 在装卷时，应确保每份补充提交的证据都完整无缺，包括证据的原件（如可能）、复印件、照片、录像带等。同时，还应在证据上注明提交的时间、提交人以及证据的简要说明。

4. 遵循案卷管理规范：

   • 根据相关的案卷管理办法或规定，申请人补充提交的证据在装卷时还应遵循其他具体的案卷管理规范。例如，证据材料应使用A3或A4型纸，页码应按顺序逐页编写，材料正反面均有记载内容的应分别编页码等。

5. 特殊证据特殊处理：

   • 对于某些特殊的证据材料，如无法装订的证物，应装入证物袋并注明证物的名称、数量、来源等信息。对于需要保密的证据材料，还应按照相关的保密规定进行处理。

综上所述，申请人补充提交的证据在装卷时应遵循一定的顺序和规则，以确保案卷的整洁、有序和便于查阅。具体的装卷顺序可能因地区、机构或案件类型的不同而有所差异，但应遵循通用的装卷原则和案卷管理规范进行确定。