关于一方股东代持的公司部分股份在公司减资时如何处理的问题，以下是我的详细解答：

首先，结论是：股东代持的股份在公司减资时，应按照公司减资的程序和法律规定，由实际出资人或代持人与公司、其他股东协商处理。

1. 明确代持关系与减资程序：

   • 在处理代持股份的减资问题时，首先要明确代持关系的存在，即确认代持协议或相关法律文件的有效性。
   • 同时，要了解公司减资的具体程序，包括减资决议的作出、通知和公告债权人、清偿债务或提供担保等步骤。

2. 协商处理代持股份：

   • 实际出资人或代持人应与公司、其他股东进行协商，确定代持股份在减资中的处理方式。
   • 这可能包括按照减资比例减少代持股份、由其他股东收购代持股份、或由公司回购代持股份等多种方案。

3. 遵守法律规定：

   • 在处理代持股份的减资问题时，必须遵守《公司法》及相关法律法规的规定。
   • 例如，减资决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过，且公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额。

4. 考虑税务影响：

   • 代持股份的减资可能涉及税务问题，如股权转让所得税、印花税等。
   • 实际出资人或代持人应咨询专业税务机构或税务部门，了解具体的税务处理方式和可能产生的税务负担。

5. 完善法律文件：

   • 在处理代持股份的减资问题时，应完善相关的法律文件，如代持协议、减资协议、股权转让协议等。
   • 这些法律文件应明确各方的权利义务、处理方式、税务承担等事项，以确保处理的合法性和有效性。

综上所述，股东代持的股份在公司减资时，需要按照公司减资的程序和法律规定，由实际出资人或代持人与公司、其他股东协商处理。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。