关于股权代持中股权变更费用由谁承担的问题，这通常取决于具体的合同约定、法律规定以及双方的协商结果。以下是对这一问题的详细分析：
合同约定优先：
- 如果在股权代持协议或相关的股权转让合同中，已经明确约定了股权变更费用的承担方，那么应当按照合同的约定来执行。例如，合同可能规定由代持人（名义股东）承担，或由实际出资人（隐名股东）承担，或者由双方共同承担。
无约定时的处理原则：
- 在没有明确约定的情况下，通常会根据公平合理原则来确定费用的承担方。这可能会考虑到股权变更的发起方、受益方以及双方在股权代持关系中的权利和义务等因素。
- 如果股权变更是由代持人主动发起的（如为了自身利益而转让股权），那么费用可能更倾向于由代持人承担。
- 如果股权变更是由实际出资人推动的（如为了显名化或实现其投资权益），那么费用可能更倾向于由实际出资人承担。
特殊情况下的处理：
- 如果股权变更过程中存在过错方（如代持人隐瞒重要信息导致股权变更手续复杂），那么过错方可能需要承担额外或全部的相关费用，以弥补对方的损失。
- 在某些情况下，双方可能会通过协商来分担股权变更的费用，以达到双方都能接受的结果。
综上所述，股权代持中股权变更费用的承担方并不是一成不变的，而是需要根据具体的合同约定、法律规定以及双方的协商结果来确定。因此，在处理这类问题时，建议双方首先查阅相关的合同条款，并尝试通过友好协商来达成共识。如果无法协商一致，可以寻求专业的法律帮助来解决问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。