民间借贷5万元，法院有权查封唯一房产，但并非一定会查封。具体是否查封，需结合多种因素综合判断。

1. 查封房产的考量因素：

   • 法院在决定是否查封房产时，并非仅看欠款金额，还会综合考虑其他多种因素，如房屋的价值、债务人的还款能力、是否有其他可供执行的财产等。
   • 若房屋价值远超5万元欠款，或者债务人还有其他可供执行的财产，法院可能不会直接查封房产。
   • 若房屋是债务人的唯一住房，且属于生活所必需，法院在执行时会更加谨慎，通常会保障债务人及其所扶养家属的基本居住需求。

2. 查封房产的法定条件：

   • 债权人需获得生效的法律文书，如判决书、裁定书等，作为申请强制执行的依据。
   • 债务人拒不履行生效法律文书确定的义务，债权人才有权向法院申请强制执行，包括查封房产等财产。

3. 查封房产的执行程序：

   • 法院在查封房产前，会进行必要的调查，如查询房产的权属、价值等情况。
   • 若决定查封，法院会依法向债务人发出执行通知书，并告知其相关权利和义务。
   • 查封后，法院会依法对房产进行处理，如拍卖、变卖等，以清偿债务。

综上所述，民间借贷5万元，法院有权查封唯一房产，但并非一定会查封。具体是否查封，需结合案件的具体情况和法院的司法实践来判断。若您面临此类问题，建议咨询专业律师，以便更好地了解您的权利和义务。