对于轨迹完整率低的客运车辆，具体的处罚措施会依据相关的法律法规以及实际违规情况的严重程度来决定。以一起交通运输安全生产执法典型案例为例，某运输有限公司因存在多部车辆运行轨迹完整率低、驾驶员超速行驶、疲劳驾驶、夜间违规运行等问题，且在企业被责令改正后仍未采取有效措施消除这些违法行为，依据《中华人民共和国安全生产法》(2021版)的相关规定，该公司被处以罚款人民币1万元的行政处罚，并责令限期消除事故隐患。

一般来说，对于轨迹完整率低的客运车辆，相关管理部门可能会采取以下一种或多种处罚措施：

1. 罚款：根据违规的严重程度，对车辆所属单位或个人处以一定金额的罚款。

2. 责令改正：要求车辆所属单位或个人在规定的时间内采取措施提高轨迹完整率，如升级车载设备、加强驾驶员培训等。

3. 停运整顿：在严重违规或多次违规的情况下，可能会要求车辆暂时停运，进行整顿和改进，直至满足相关要求。

4. 吊销营运资格：对于多次违规且情节严重的车辆，可能会吊销其营运资格，禁止其继续从事客运业务。

5. 法律追责：如果轨迹完整率低导致的后果特别严重，如引发了交通事故等，还可能会依法追究相关责任人的法律责任。

为了避免因轨迹完整率低而受到处罚，客运车辆所属单位或个人应该加强车辆管理，确保车载设备的正常运行和数据的准确上传。同时，驾驶员也应该遵守相关规定，确保行车轨迹的完整记录。如果收到关于轨迹完整率低的通知或处罚决定，应该积极配合相关部门的调查和处理工作，及时采取措施进行整改。