当遇到不符合立案条件但法院已经立案的情况时，通常可以通过以下步骤来处理：

一、法院严格审查立案材料

法院会对立案材料进行详细和严格的审查。如果在审查过程中发现案件确实不符合立案条件，法院会作出裁定，驳回起诉，并在裁定书中明确说明驳回的具体理由。这样，当事人可以据此了解不符合立案条件的具体情况，以便后续采取相应措施。

二、当事人积极配合审查

作为当事人，应当积极配合法院的审查工作。这包括及时提供补充材料、说明情况或者按照法院的要求进行整改。如果立案材料存在不齐全或有问题，应尽快完善或纠正，以便法院能够更准确地判断是否符合立案条件。

三、提起上诉

如果当事人对法院驳回起诉的裁定不服，可以在规定的时间内向上一级法院提起上诉。在提起上诉时，需要明确上诉请求和理由，并提供相关证据支持自己的主张。上一级法院将会对上诉进行审查，并作出相应的裁定。

四、其他法律纠错途径

除了上述步骤外，还有一些其他的法律纠错途径。例如，当事人可以在提交答辩状期间提出管辖权异议，如果异议成立，法院可能会将案件移送至有管辖权的法院。此外，在庭审过程中，当事人也可以围绕不符合立案条件的理由进行举证和辩论，请求法院驳回起诉。

另外，值得注意的是，法院对不符合立案条件的案件立案一般不构成违法。因为根据立案登记制，法院对当事人的起诉应当一律接收诉状，并在规定时间内决定是否立案。如果法院在审查后认为不符合立案条件而立案，这通常是由于工作失误造成的。在这种情况下，法院会及时纠正错误，并裁定驳回起诉。当然，如果法官存在故意违反法律规定或徇私舞弊等行为，那可能会涉及违法违纪，需要依法依规追究责任。

综上所述，当遇到不符合立案条件但法院已经立案的情况时，当事人应保持冷静并积极配合法院的审查工作。如果法院裁定驳回起诉，当事人可以根据具体情况决定是否提起上诉或采取其他法律纠错途径来维护自己的合法权益。