在民事诉讼再审中，如果案件通过调解达成了协议，那么原判决的处理方式主要遵循《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、调解协议的法律效力

1. 调解书制作与送达：

   • 再审案件调解达成协议后，法院会依法制作调解书。
   • 调解书送达双方当事人后即具有法律效力，这标志着双方就争议问题达成了新的共识和解决方案。

2. 原判决的撤销：

   • 根据法律规定，调解书生效后，原判决、裁定视为撤销。
   • 这意味着，调解协议一旦生效，原判决就失去了执行的效力，无需再对原判决进行额外的撤销处理。

二、调解协议的特点与原则

1. 自愿性：

   • 调解是双方当事人在法院主持下自愿协商的结果，体现了当事人的意思自治。
   • 调解协议的达成必须严格遵守自愿原则，确保双方当事人的真实意愿得到尊重和体现。

2. 合法性：

   • 调解协议的内容必须合法，不能违反法律法规中的强制性规定。
   • 如果调解协议存在欺诈、胁迫等不当行为，导致无法反映当事人的真实意愿，那么该协议可能会被判定为无效。

3. 约束力：

   • 调解协议一旦生效，就具有与生效判决同等的法律效力。
   • 双方当事人都应严格遵守协议约定，履行自己的义务。

三、调解协议履行后的法律后果

1. 全面履行：

   • 如果双方当事人全面履行了调解协议，那么原判决就不再具有执行力。
   • 一方不能反悔并试图恢复原判决执行，因为调解协议已经合法有效且履行完毕。

2. 部分履行：

   • 如果调解协议部分未履行，对于未履行部分涉及原判决内容的处理可能较为复杂。
   • 这种情况下，可能需要根据具体情况进行进一步的法律分析和处理。

综上所述，在民事诉讼再审中，如果案件通过调解达成了协议，那么原判决就视为撤销。调解协议一旦生效，就具有与生效判决同等的法律效力，双方当事人应严格遵守并履行协议约定。