公安机关内部保卫笔录中被检查单位签字按手印是合法的。以下是具体的分析：

在公安机关进行内部保卫检查的过程中，制作笔录是一种常见的执法行为。这份笔录通常用于记录检查的过程、发现的问题以及被检查单位的陈述等内容。为了确保笔录的真实性和有效性，公安机关通常会要求被检查单位的相关负责人在笔录上签字按手印，以确认笔录内容的准确性并表明对笔录内容的认可。

从法律角度来看，签字按手印是一种常见的法律确认方式。在签名的基础上，按手印进一步增强了签名的真实性和不可伪造性。这种确认方式在司法实践中被广泛采用，不仅适用于公安机关的内部保卫检查，还适用于其他类型的执法活动，如刑事侦查、治安管理等。

同时，被检查单位在签字按手印前，应当仔细阅读笔录内容，确保笔录内容真实、准确、完整。如果发现笔录内容有误或存在遗漏，应当及时提出并要求公安机关进行修正。如果公安机关拒绝修正，被检查单位可以保留意见并在笔录上注明，或者通过其他合法途径维护自己的合法权益。

综上所述，公安机关内部保卫笔录中被检查单位签字按手印是合法的，这是公安机关为了确保笔录的真实性和有效性而采取的一种常见做法。被检查单位应当配合公安机关的工作，认真阅读笔录内容并签字按手印，以维护自己的合法权益和执法活动的顺利进行。