合作办学合同纠纷的案由主要涵盖因合同的生效、解除、履行、变更、终止等行为而引起的合同当事人的所有争议。这些争议构成了合同纠纷的主要案由，并可能源于合同条款的不明确、双方对合同解释的不一致、合同履行过程中的违约行为等。具体来说，合作办学合同纠纷的案由可能包括以下几种情况：

1. 合同生效争议：合作双方就合同是否已生效产生分歧，可能涉及合同成立的要件、审批程序、附加条件等。

2. 合同解除争议：一方或双方主张解除合同，但对方不同意，可能涉及解除合同的法定事由、约定事由、解除程序等。

3. 合同履行争议：合作双方在合同履行过程中产生纠纷，如一方未按照合同约定履行义务，或双方对合同履行方式、标准、期限等存在争议。

4. 合同变更争议：合作双方就合同内容的变更产生分歧，可能涉及变更的合法性、合理性、程序等。

5. 合同终止争议：合同到期后或因其他原因终止，但双方就终止后的权利义务处理产生纠纷，如费用结算、资产处置等。

在处理合作办学合同纠纷时，建议首先尝试通过协商、调解等方式解决争议。如果无法达成一致，可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。