股权被冻结的公司可以进行清算。股权冻结并不当然禁止公司开展清算活动。具体分析如下：
法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第一百八十条和第一百八十三条的规定，公司因特定原因解散后，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。这些原因包括公司章程规定的营业期限届满、股东会决议解散、依法被吊销营业执照等。股权被冻结并不在这些禁止清算的事由之列。
清算的独立性：公司清算旨在清理债权债务、分配剩余财产等，以结束公司存续状态。在股权冻结情况下，公司依然具备独立的法人资格，可以依据法定程序进行清算。股权冻结主要限制了股权的转让、质押等处分行为，但并不影响公司按照正常的清算流程处理公司事务。
清算过程中的注意事项：在清算过程中，公司应依法依规履行清算义务，保障债权人等相关方的合法权益。虽然股权被冻结，但公司仍应编制资产负债表和财产清单、通知债权人申报债权、处理债务清偿等。只要符合法定的清算条件和程序要求，即使股权被冻结，公司也可以有序推进清算工作。
综上所述，股权被冻结并不影响公司进行清算。如果公司在清算过程中遇到法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。