公司只盖章的合同在大多数情况下是具有合法效力的。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，盖章是合同生效的法定方式之一，与签名、按指印具有同等法律效力。
   • 公司作为法人，其盖章行为通常被视为对合同内容的认可和接受，因此，仅盖章的合同在一般情况下是有效的。

2. 特殊情况：

   • 特殊约定：如果合同中明确约定必须同时签字和盖章合同才生效，那么仅盖章可能不足以使合同生效。此时，应严格遵守合同约定，确保合同满足所有生效条件。
   • 无权代理或虚假盖章：若盖章的人没有得到公司的合法授权，或印章是伪造的，合同的效力可能会受到影响。然而，如果构成表见代理（即相对人有理由相信行为人有代理权），该代理行为仍然有效，合同对公司具有约束力。但在这种情况下，通常需要进一步的法律判断来确定合同的有效性。
   • 法律、行政法规的特殊规定：对于某些特定类型的合同，如涉及土地使用权转让、企业合并分立等，法律、行政法规可能规定必须经过特定的程序（如公证、鉴证、审批或登记等）才能生效。在这种情况下，即使合同上盖有公司印章，也需要完成相应的法定程序才能使合同具有法律效力。

3. 操作建议：

   • 在签订合同时，应仔细检查合同条款，特别是关于合同生效条件的约定，确保合同满足所有生效要求。
   • 对于需要特定程序才能生效的合同，应及时办理相关手续，以确保合同的合法性和有效性。
   • 如对合同签订的具体要求有疑问，或面临复杂的法律情境，建议直接向我咨询以获取准确的法律意见和专业的法律指导。

综上所述，公司只盖章的合同在大多数情况下是具有合法效力的，但需注意特殊约定、无权代理及法律、行政法规的特殊规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。